Der Houtu-Tempel blickt auf eine lange Geschichte zurück:
Sein Bau begann 121 v. Chr. (im zweiten Regierungsjahr von Kaiser Wu der Yuanshou-Ära der Han-Dynastie). Später, im Jahr 113 v. Chr. (im vierten Regierungsjahr von Kaiser Yuanding), wurde der Tempel während der Fengshan-Zeremonie am Dongyue (Berg Tai) erweitert und zum Nationaltempel erklärt.
Kaiser Wu der Han-Dynastie unternahm zahlreiche Pilgerreisen zum Tempel und hinterließ das berühmte Gedicht „Ode an den Herbstwind“.
Die Kaiser Xuan, Yuan, Cheng und Ai der Han-Dynastie sowie Kaiser Guangwu der Östlichen Han-Dynastie besuchten den Tempel elfmal, um Opfer darzubringen.
Während der Kaiyuan-Ära der Tang-Dynastie (713–741 n. Chr.) besuchte Kaiser Xuanzong der Tang-Dynastie, Li Longji, den Tempel dreimal und ließ ihn erweitern.
Im Jahr 1011 n. Chr. (dem vierten Jahr der Dazhong-Xiangfu-Ära der Nördlichen Song-Dynastie) ließ Kaiser Zhenzong der Song-Dynastie, Zhao Heng, den Houtu-Tempel restaurieren und verfasste und inschriftete persönlich die „Inschrift für die Opfergaben an die beiden Heiligen von Fenyin“. Während der Longqing-Ära der Ming-Dynastie (1567–1572) verlagerte sich der Hauptstrom des Gelben Flusses nach Osten, wodurch der Fen-Fluss erodierte und der dortige Houtu-Tempel von Überschwemmungen bedroht wurde.
Während der Wanli-Ära der Ming-Dynastie (1573–1620) wurde der Houtu-Tempel wiederholt vom Gelben Fluss überflutet und nach zwei Verlegungen erneut überschwemmt.
Im zwölften Jahr der Shunzhi-Ära der Qing-Dynastie (1655) trat der Gelbe Fluss über die Ufer und zerstörte den Großteil der Gebäude des Houtu-Tempels. Lediglich der Qiufeng-Turm und die Torhalle blieben erhalten.
Im ersten Jahr der Kangxi-Ära der Qing-Dynastie (1662) trat der Gelbe Fluss erneut über die Ufer und überschwemmte sogar den Qiufeng-Turm.
Im zweiten Jahr der Kangxi-Ära (1663) wurde der Houtu-Tempel verlegt und nördlich des heutigen Dorfes Miaoqian wiederaufgebaut.
Im sechsten Jahr der Tongzhi-Ära der Qing-Dynastie (1867) wurde der Houtu-Tempel abermals vom Gelben Fluss zerstört.
Im neunten Jahr der Tongzhi-Ära der Qing-Dynastie (1870) wurde der Houtu-Tempel auf eine hohe Klippe nördlich des Dorfes Miaoqian verlegt und befindet sich seitdem dort; seine Geschichte reicht über 150 Jahre zurück.