Die panhellenische Kultstätte war ein komplexes Bauwerk außerhalb der Politik der Stadtstaaten und bot allen Griechen im religiösen Sinne den einzigen Weg zur Selbsterkenntnis. Der Eingang zum Apollontempel soll die Inschrift „Erkenne dich selbst“ getragen haben.
Von Mitte des 8. bis Mitte des 7. Jahrhunderts v. Chr. erlangte der Apollonkult als Schutzgott der damals blühenden Kolonialbestrebungen hohes Ansehen.
Im Jahr 373 v. Chr. beschädigte ein Erdbeben die Architektur der Kultstätte schwer und trug entscheidend zu ihrem Schicksal bei. Während der aufwendigen Restaurierung in der zweiten Hälfte des 4. Jahrhunderts v. Chr. erlebte Griechenland politische Unruhen, die zum allmählichen Niedergang der Kultstätte führten. Seit der römischen Herrschaft im 1. Jahrhundert n. Chr. wurden dort keine neuen Gebäude errichtet.
Im Jahr 392 n. Chr. erließ der römische Kaiser Theodosius I. ein Edikt, das heidnische Glaubensvorstellungen verbot. Dieses Orakel besiegelte das Ende des Apollonkults. Die Ruinen der heiligen Stätte waren zu Beginn unserer Zeitrechnung von einem Dorf bewohnt und wurden im 15. Jahrhundert wiederentdeckt.
Die Funktionsweise des Orakels erfuhr im Laufe der Geschichte viele Veränderungen. Laut Plutarch, einem der angesehensten Zeitzeugen und ehemaligen Priester des Tempels, gab es zu seiner Zeit (1. Jahrhundert n. Chr.) nur eine Prophetin im Tempel, die einmal im Monat Anfragen entgegennahm. In früheren, wohlhabenderen Zeiten waren drei Priesterinnen im Wechsel nötig, um die langen Warteschlangen der Anfragen zu bearbeiten. In einem anderen Apollontempel wurde das Orakel nur durch Gedanken an den Propheten übermittelt, was ihm/ihr mehr Interpretationsfreiheit ließ.
In christlicher Zeit glaubte Johannes der Gnostiker, dass Pythia eine von einem Dämon besessene Frau war, der aus der Tiefe der Erde unter dem Dreifuß in den Körper des Propheten fuhr. Jedes Jahr, wenn Apollon verschwand, gab es naturgemäß keine Orakel, sodass unzählige Gläubige jedes Jahr auf die Wiedereröffnung der Orakel warteten. Daher hatten die Priester des Tempels die Befugnis, die Reihenfolge der Teilnehmer an der Zeremonie (Προμαντεία / promanteia) festzulegen. Die Teilnehmer brachten dem Gott zunächst angemessene Gaben dar, woraufhin die Priester kaltes Wasser über eine Ziege gossen. Zitterte die Ziege nicht, galt dies als schlechtes Omen, und die Zeremonie wurde nicht fortgesetzt. Wurde der Gläubige zugelassen, wurde ihm die Ziege geopfert, und er durfte den Tempel betreten, um der Prophetin Fragen zu stellen. Ob diese Fragen beantwortet wurden, hing natürlich vom Willen des Gottes ab.